A traves de la auditoría operativa se examina la administración, logística, gestión, y resultados de las operaciones, para determinar la eficiencia en el uso de los recursos y en el alcance de los objetivos y metas propuestas. La auditoría operativa comprende:
Auditoría Administrativa: Revisión y evaluación de los métodos y procedimientos utilizados en el proceso administrativo para asegurar el debido cumplimiento de las políticas, planes, programas, leyes y regulaciones que impacten significativamente a la entidad.
Auditoría de Gestión: Evaluación de la eficacia de las estrategias utilizadas para alcanzar las metas previstas con respecto a recursos humanos, financieros y técnicos utilizados, la organización y coordinación de dichos recursos y los controles establecidos sobre dicha gestión.
Auditoría de Cumplimiento: Examen minucioso de documentos soporte para determinar si los procedimientos y controles están de acuerdo con las normas aplicables y están operando de manera efectiva para el logro de los objetivos de la entidad.